Penerapan Projek Penguatan Profil Pelajar Muhammadiyah pada intrakurikuler terintegrasi pada semua mata pelajaran pada fase D. Projek Penguatan Profil Pelajar Muhammadiyah terintegrasi pada mata pelajaran dalam bentuk kegiatan projek. Projek Penguatan Profil Pelajar Muhammadiyah implementasinya dilakukan secara lintas mata pelajaran dengan tema tertentu yang sudah ditentukan oleh sekolah.
Profil Pelajar Muhammadiyah diadaptasi dari Profil Pelajar Pancasila, sebagaimana berikut:
| Profil Pelajar Pancasila | Profil Pelajar Muhammadiyah |
| 1. Beriman, Bertaqwa kepada Tuhan YME dan Berakhlak Mulia | 1. Taat Beragama dan Berakhlak Mulia 2. Berbuat Baik kepada Orang Tua, Guru dan Sesama |
| 2. Berkebinekaan Global | 3. Cinta Bangsa dan Kemanusiaan Semesta |
| 3. Mandiri | 4. Memiliki Motivasi Tinggi dan Mau Berprestasi 5. Berdisiplin, Bekerja Keras dan Mandiri |
| 4. Bergotong Royong | 6. Bekerjasama dan Bersosialisasi di Masyarakat |
| 5. Bernalar Kritis | 7. Berilmu dan Berkeahlian Tinggi |
| 6. Kreatif | 8. Gemar Membaca, Menulis dan Berkreasi |
| Sumber: https://gtk.kemdikbud.go.id | Sumber: suaramuhammadiyah.id: 8 identitas pelajar berkemajuan |
Tema yang dipilih sebagai Projek Penguatan Profil Pelajar Muhammadiyah di SMP Muhammadiyah 3 Banjarmasin adalah sebagai berikut:
| Unit Pendidikan | Tema Projek | Capaian |
| SD-SMP | Syahadat Dua Melingkar: Keimanan & Spiritual | Menumbuhkan fitrah keimanan melalui rasa cinta kepada Allah Subhannahu Wa Ta’ala |
| SMP-SMA | Sami’na wa Athona: Kaji Ilmu, Gawi Amal | Membangun ketundukkan jiwa dan kerelaan hati dalam menuntut ilmu dan beramal ibadah |
| SD-SMA | Gaya Hidup Berkelanjutan | Memahami dampak dari aktivitas manusia, baik jangka pendek maupun panjang, terhadap kelangsungan kehidupan di dunia maupun lingkungan sekitarnya |
| SD-SMA | Kearifan Lokal | Membangun rasa ingin tahu dan kemampuan inkuiri melalui eksplorasi tentang budaya dan kearifan lokal masyarakat sekitar atau daerah tersebut, serta perkembangannya |
| SD-SMA | Bhinneka Tunggal Ika | Mengenal belajar membangun dialog penuh hormat tentang keberagaman kelompok agama dan kepercayaan yang dianut oleh masyarakat sekitar dan di Indonesia serta nilai-nilai ajaran yang dianutnya. |
| SD-SMA | Berekayasa dan Berteknologi untuk Membangun NKRI | Berkolaborasi dalam melatih daya pikir kritis, kreatif, inovatif, sekaligus kemampuan berempati untuk berekayasa membangun produk berteknologi yang memudahkan kegiatan dirinya dan juga sekitarnya |
| SD-SMA | Kewirausahaan | Mengidentifikasi potensi ekonomi di tingkat lokal dan masalah yang ada dalam pengembangan potensi tersebut, serta kaitannya dengan aspek lingkungan, sosial, dan kesejahteraan masyarakat. |
| SMP-SMA | Bangunlah Jiwa dan Raganya | Membangun kesadaran dan keterampilan untuk memelihara kesehatan fisik dan mental, baik untuk dirinya maupun orang sekitarnya |
| SMP-SMA | Suara Demokrasi | Dalam “negara kecil” bernama satuan pendidikan, sistem demokrasi dan pemerintahan yang diterapkan di Indonesia dicoba untuk dipraktikkan, namun tidak terbatas pada proses pemilihan umum dan perumusan kebijakan |