Sebagai salah satu muatan mata pelajaran dalam Kurikulum ISMUBA, Pendidikan Al-Qur’an juga menjadi perhatian sekolah agar siswa-siswi selalu dekat, membaca dan menjadikan Al-Qur’an sebagai pedoman serta pegangan hidup mereka. Mengusung prinsip 6T Al-Qur’an yang terdiri atas Tajwid, Tartil, Tahsin, Tilawah, Tahfidz dan Tadabbur.

Untuk 3T yang pertama (Tajwid, Tartil, Tahsin) menjadi target utama lulusan siswa-siswi SMP Muga, agar mereka mampu membaca Al-Qur’an dengan baik dan benar. Setelah mereka lancar membaca Al-Qur’an, mereka akan dilanjutkan sesuai potensinya. Mereka yang memiliki bacaan dan suara yang bagus, akan fokus pada Tilawah. Mereka yang memiliki hafalan yang kuat, akan fokus pada Tahfidz. Harapan selanjutnya adalah mereka mampu men-tadabburi isi dan makna dari Al-Qur’an dalam kehidupan mereka-sehari-hari.

Selain penerapan prinsip 6T pada Pendidikan & Pembelajaran Al-Qur’an, juga disusun, dirancang dan dilaksanakan beberapa Projek Penguatan Pendidikan Al-Qur’an seperti yang ada di bawah.